Múzeum sa stalo neodmysliteľnou súčasťou spoločensko-kultúrneho života v meste.
K tradičným vlastným podujatiam patrí Noc múzeí, Deň detí, Deň otvorených dverí, v rámci Dní európskeho kultúrneho dedičstva zapojenie sa do Skalických dní.
Pre spolupracovníkov, priaznivcov i verejnosť organizuje predvianočné stretnutia spojené s koncertami vo výstavnej sieni múzea, vo veľkej sále Domu kultúry alebo jezuitskom kostole. Vystúpili na nich Skalické sláčikové kvarteto, Samo Smetana a Zuzana Homolová, Zuzana Lapčíková, dobová hudba Audite silette musica v rôznych nástrojových zoskupeniach, skupiny PaCoRa, Sklo, Hudci z Kyjova, Brněnský rozhlasový orchestr lidových nástrojů, cimbalová muzika Moravia a ženský zbor Oskoruša, cimbalová muzika Martina Hrbáča, ľudová hudba Skaličan a i.
V pravidelných intervaloch sa konajú stretnutia redakčnej rady časopisu Záhorie, ako i jej výjazdové zasadnutia do obcí a miest, oslavy výročí obcí, osobností, vlastné podujatia a výročia inštitúcie, časopisu Záhorie, uvádzanie kníh a i.
Medzi významné aktivity múzea patrí poriadanie, resp. spoluporiadanie seminárov a spomienkových podujatí: Výskum a obnova kultúrnych pamiatok v Skalici, 13. sympózium o staršej dobe bronzovej s medzinárodnou účasťou v Skalici, odhalenie pamätnej tabule akademikovi Ľudovítovi Novákovi, celoslovenské oslavy 100. výročia narodenia Daniela Rapanta v Holíči, Konferencia o miestnej kultúre, celoslovenské oslavy 100. výročia smrti Jána Hollého a následné oslavy jeho významných výročí, celoslovenský seminár s medzinárodnou účasťou Dejiny knižnej kultúry na Záhorí, spomienkové stretnutie k nedožitým 90. narodeninám inkunábulistu Imricha Kotvana, celoslovenský etnologický seminár Kresťanské sviatky a ľudová kultúra, medzinárodný seminár Habáni v Sobotišti, medzinárodný seminár Otázky neolitu a eneolitu našich krajín, 100 rokov od narodenia Františka Krištofa Veselého, 100 rokov od narodenia Františka Buchtu, oslavy 160. výročia Slovenského povstania meruôsmych rokov, odborný seminár Skalica 1918, spomienkové podujatie ThDr. Ľudovít Okánik, 20 rokov po… spomienkové podujatie pri príležitosti výročia pádu železnej opony, seminár pri príležitosti 100. výročia narodenia ThDr. Jozefa Šátka, prezentácia projektu Tradičný odev Podluží a Záhoria, vedecký seminár Viditeľná i skrytá… Česko(moravsko)-slovenská hranica v 20. storočí, spomienkové podujatie Daniel Gabriel Lichard, spomienkové podujatie Jozef Ščasný, seminár Dr. Ján Bundala, vedecká konferencia Dr. Pavel Blaho, Čriepky z dejín Senice, Spomienky na Luhačovickú búdu v Luhačoviciach, 110. výročie vzniku Kultúrneho domu a múzea v Skalici, seminár Ľudovít Štúr a štúrovci v súradniciach dejín Záhoria a i.
Múzeum sa podieľa na prijímaní oficiálnych návštev mesta a firiem. Lektorovaním pre verejnosť zabezpečuje múzeum sprievod a odborné výklady vo svojej stálej expozícii, Galérii Júliusa Koreszku a v Rotunde sv. Juraja. Sprevádzanie návštevníkov bolo obohatené o špecializované výklady pre rôzne skupiny záujemcov. Využívajú ich najmä školy rôznych stupňov a zamerania, špecializované záujmové združenia.
