Základom zbierkového fondu Záhorského múzea bola zbierka zakladateľa múzea MUDr. Pavla Blahu. Od počiatkov sa akvizičná činnosť sústreďovala na oblasť Záhoria.
Zbierkový fond sa delí do fondov archeológie, histórie, etnológie, dejín hudobnej kultúry a numizmatiky a predstavuje vyše 57 000 kusov predmetov.
K vzácnejším kolekciám patrí zbierka západoslovenských džbánkarských výrobkov, cechálií, škarniclovských štočkov, Lichardov fond, archeologická zbierka Vladimíra Jamárika.
Zbierkové predmety získava múzeum nákupom, darom a ako výsledok vlastných zberov a výskumov.
Najvýznamnejším darovaným prírastkom je Ďurovičov fond, ktorého základ predstavuje pozostalosť prof. Jána Ďuroviča. Tvorí ju knižnica /s viac ako 3000 zväzkami teologickej a historickej literatúry, pôvodnej slovenskej beletrie a starých tlačí, najstaršie pochádzajú z konca 17. storočia/, osobný i rodinný archív /korešpondencia, rukopisy autorových monografických prác a štúdií, archívy spolkovej činnosti, albumy fotografií, dobové pohľadnice a i./, ktorú múzeu v roku 1996 venoval prof. Ľubomír Ďurovič z Lundu a rodina Ďurovičovcov.
Najčastejšie darom i kúpou boli získavané staré tlače, súčasti krojov a iných odevov, kútne plachty a textílie s výšivkami, hudobné nástroje, pracovné náradie, pomôcky v domácnosti, nábytky. Kúpou múzeum dopĺňa zbierkové fondy o ukážky tvorby ľudových výrobcov a umelcov, ktorých diela sú inšpirované tradíciou alebo regiónom Záhoria.
