Pri príležitosti storočnice múzea bola v septembri 2005 v obnovených priestoroch otvorená nová stála expozícia Záhorského múzea.
Pôvodné priestory na poschodí, určené už od roku 1905 pre múzeum, koncipoval architekt Dušan Jurkovič ako ilúziu ľudového domu so sieňou a izbou, architektonicky dotvorenou vyrezávaným stredovým pilierom a bohato zdobeným stropom. Tieto boli ponechané bez podstatných zmien.
V prvej – vstupnej časti je umiestnená veľkoplošná mapa Záhoria a znaky 85 záhorských miest a obcí.
Druhá časť tzv. blahovská izba je venovaná zakladateľovi múzea Dr. Pavlovi Blahovi , kde je umiestnená aj Blahova pôvodná zbierka západoslovenských džbánkarských výrobkov z konca 17. až 19. storočia a kolekcia holíčskej fajansy i kameniny.
Ďalšia časť expozície začína priestorom, zariadeným ako salón sestier Jurkovičových, spolupracovníčok Dr. Pavla Blahu pri zriadení „skalického výšivkárskeho družstva“, v ktorom malo toto družstvo svoje sídlo od svojho vzniku v roku 1910 až do roku 1919.
Národopisnú časť uzatvára priestor venovaný špecifikám roľníckeho hospodárenia na Záhorí; tradíciám vinohradníctva v skalickom rajóne, poľnohospodárskej a domáckej výrobe, dokumentovanej výrobou konopného plátna, povrazov a oleja.
Archeologická časť sa venuje archeologickému výskumu na Záhorí a jeho výsledkom, je dokladom jednotlivých fáz osídlenia. Rozdelené sú do troch úsekov : Doba kameňa, Doba kovu a Na úsvite dejín.
Historická časť expozície podáva historický obraz Záhoria a jeho členenie na jednotlivé panstvá. Pozornosť je venovaná Skalici ako slobodnému kráľovskému mestu, pokračuje témou Habáni na Záhorí a Náboženský život s dokumentáciou reholí a pútnických miest v regióne.
Rozsiahlu tému predstavujú historické remeslá a cechy, podnikateľské aktivity šľachty na Záhorí, kde hlavná pozornosť je upriamená predovšetkým na Františka Lotrinského a Pálffyovcov, záverečnú časť tvorí priblíženie tlačiarenskej a družstevnej tradície, predovšetkým škarniclovsko-teslíkovskej tlačiarni a zakladateľovi prvého družstva Samuelovi Jurkovičovi zo Sobotišťa.                                  Záverečná časť je venovaná osobnostiam regiónu, ktoré sa tu narodili alebo dlhodobo pôsobili. Expozícia ponúka návštevníkom dve formy pohľadu. Tradičnú, prostredníctvom trojrozmerných zbierkových predmetov, ktoré Záhorské múzeum získalo akvizičnou činnosťou. Inovatívnou multimediálnou časťou sú prostredníctvom dotykovej obrazovky predstavené osobnosti Záhoria regionálneho charakteru, ktoré pôsobili v jednotlivých mestách a obciach. Na zvláštnej obrazovke prebieha prezentácia najvýznamnejších osobností Záhoria, dôležitých v celoslovenskom kontexte.