Zo strany návštevníka a verejnosti je najzaujímavejšou prezentačnou zložkou múzea výstavná činnosť.
V súčasnosti má múzeum v prízemných priestoroch tri vlastné výstavné priestory, v ktorých ročne uvedie 10 až 12 výstav, pričom okrem múzejných poskytuje priestor i výstavám výtvarným, fotografickým, zberateľským a iným.
Ďalšie výstavy uskutočňuje vo výstavných priestoroch partnerských a iných inštitúcií, v posledných rokoch tiež v zahraničí. Časť výstav tvoria vlastné, časť prevzaté alebo vytvorené v spolupráci s inými inštitúciami. Väčšina výstav býva otváraná slávnostnými vernisážami s kultúrnym programom.
Múzeum začalo s výstavnou činnosťou v roku 1956 výstavou Staré knihy a archívne listiny, nasledovala výstava Výšivky a kroje. Od roku 1958 sa najčastejšie prezentovali vyžadované výstavy venované najnovším dejinám. V menšom počte boli zastúpené výstavy pri príležitosti významných jubileí zo starších období regionálnych dejín.
Systematické poriadanie výstav sa začalo po nastúpení odborných pracovníkov na úseky novších a najnovších dejín a na úseku umenia.
Podľa obsahovej náplne vyčleňujeme v sumári výstav za posledných 5 rokov výstavy:
– múzejné, z ktorých najúspešnejšie boli Egyptské umenie, Šperk a ozdoby odevu v archeologických nálezoch, Veľkomoravská Skalica, Večná hračka, Hudba a tanec vo výtvarnom prejave, Na Záhorí hudby hrali, Podoby drôtu, Stredoveká výzbroj a výstroj v archeologických nálezoch, Domácnosť starých materí, Tradičné Vianoce na Záhorí, Móda našich babičiek, Kroje Záhoria a Normandie, Magická osmička v dejinách Slovenska, Pestrá kytica pre Weinviertel, Heřman Landsfeld, Záhorské múzeum 1905 – 2010, Vinohrady, vinohrady, Stredoveká kuchyňa, Etnograf Antonín Václavík, Betlehemy z kostolov na Záhorí, Betlehemský príbeh, Prvá svetová vojna a Záhorie, Z najnovších prírastkov Záhorského múzea, Františkáni v Skalici.
– zberateľské, z ktorých najúspešnejšie boli: Podobnosť a rôznosť zo zbierok cestovateľa Tibora Sekelja, Bulharská grafika zo zbierky Ing. Slobodu a Ing. Felčíka, Umelecké kníhväzby zo zbierky Bohumila Illa, Zvuky starých časov – gramofóny Miroslava Lipu, Spoločenský život vo svetle dobových pozvánok a plagátov.
– fotografické: Martin Martinček, Ester Plicková, Filip Lašut, Alexander Jiroušek, Ján Náhlik, Fero Tomík, Fotoklub Retina, AMFO Trnavského kraja, Jozef Kalka, Třebíz vo fotografii Pavla Vychodila, Markus Springer – hohenaumarch-protipohľad, Alexander Jiroušek – Z Južnej Afriky, výstavy Eduarda Timka, Zabudnutí svedkovia histórie, Pavel Popelka – Lidé Moravy, Podoby viery, Mystika Záhoria, Štefan Komorný – Fotografie.
– umelecké: Insitné obrazy Jána Husárika a výrobky majoliky Modra, 2. a 3. stretnutie umelcov Záhoria, Viera Škrabalová – textilná tvorba, Kresby Emila Sedláka, Ľudovít Hološka – Pozdrav mestám (a miestam), Rozprávka z hliny keramikárky Libuše Čtverákovej, Betlehemy záhorských rezbárov, Oživenie dreva z rezbárskej dielne Jozefa Pavlíka, Drevorezby Vladimíra Morávka, Víno, víno vinovaté keramikára Miloša Kunkela, Fľaše trpezlivosti, Imaginácie Edity Balážovej, Marta Filová – Drôtený šperk, Oldrich Majda – Obrazy a plastiky, výstavy Pavla Fürstenzellera, Hana Veselá – Maľba, plastika, reliéfy, Viktor Holečko – Maľby, Vladimír Groš – Z Moravy a okolí, Ivan Schurmann, Vladimír Droppa – Výber z tvorby, Stretnutia umelcov Záhoria, Umelci Kostariky, Dušan Grečner – Knižné ilustrácie, Milan Flajžík – Neúplná bilancia, Miroslav Korčák, Eva Milotová – Tkané návěje, Róbert Haček – Život s paletou, A.H. 2005-2015 Anton Hanzalík, Lenka Jurečková, Jiří Holásek – Maľby a i.
– k výročiam osobností: Návraty s piesňou -k 90. nedožitým narodeninám dr. Janka Blaha, Daniel Rapant – Život a dielo, Ján Hollý a ohlasy jeho básnického diela vo výtvarnom umení, Pocta Albínovi Brunovskému, Daniel Gabriel Lichard, Dr. Pavel Blaho, Gustáv Mallý, Pavel Bunčák – Autoportrét, Július Korezska, Karel Novák a i.
– výstavy pre deti: BUVIK, Večerníček, Čarovný svet ilustrácií a animácií, Koloman Leššo – Najmenší hrdinovia, Alena Wagnerová – Strapoškove farbičky, Domček, domček, kto v tebe býva?
– iné: Archív – pamäť národa, Hmyz Slovenska versus Indonézie, Príroda Malých Karpát, Život v teráriách a insektáriách, Život bez chrbtice, Knihália – medzinárodné výstavy umeleckej kníhväzby, Slovenské národné divadlo nitrianske v Sobotišti, výstavy minerálov, skamenelín a fosílií, Etudy z dreva, Mikulčicko-kopčiansky archeopark, Včelárstvo v Pomoraví.
S veľkým ohlasom sa stretli výstavy:
Záhorie v rakúskom Hohenau, Skalica v dejinách a dnes počas dní slovenskej kultúry v Slanom pri Prahe, Škarniclovská tlačiareň v Skalici a knižný drevorez 16.-19. storočia, reinštalovaná v Dome kultúry v Skalici a v Západoslovenskom múzeu v Trnave, Fotograf a maliar Engelbert Pinkalský, ktorá bola reinštalovaná v SNM v Bratislave, Mosty Pomoravia, realizovaná v spolupráci s múzeom Hohenau an der March, uvedená na prístupovej slávnosti do EÚ v Hohenau an der March, reinštalovaná počas Dní zelá v Stupave, na rakúsko-slovenskej hospodárskej výstave v Zohore a pri otvorení mostu cez Moravu v Moravskom Svätom Jáne, Pestrá kytica pre Weinviertel, realizovaná v spolupráci s Múzeom Hohenau an der March, prezentovala výšivky a kroje Trnavského kraja, Vinohrady, vinohrady, výstava do ktorej sa zapojilo množstvo skalických vinohradníkov a ktorá bola taktiež viackrát reinštalovaná, Včelárstvo v Pomoraví, Mystika Záhoria, Prvá svetová vojna a Záhorie, do ktorej sa zapojila i široká verejnosť formou zberu predmetov s tematikou prvej svetovej vojny, výstava bola niekoľkokrát reinštalovaná (Senica, Malacky, Bratislava).
Pri poriadaní umeleckých výstav múzeum najčastejšie spolupracuje so Záhorskou galériou Jána Mudrocha v Senici, ktorej odborní pracovníci sú kurátormi výtvarných výstav.
